L'objectif du projet GEMINI : exploiter ces données et créer un clône de Jarod. Les ovules de Margaret, la mère de Jarod, étaient gardées par le Centre dans un complexe de conservation biologique appelé Pakor Frozen Foods. A Donoterase, une ferme d'aspect isolé dissimule les recherches du Projet GEMINI. L'opération est dirigée par le Triumvirat, sous la responsabilité de Raines. Seuls M. Parker, Brigitte et Lyle connaissent également son existence. Les premières expériences se font sur des animaux mais très vite, Raines se tourne vers des cobayes humains. Il kidnape 299 femmes sans-abris ou dans le coma. Tous les clônes "râtés", c'est-à-dire les embryons humains qui ne sont pas arrivés à terme, sont conservés dans du formol au sein de Donatorese.

Jusqu'au jour où Sydney découvre l'existence de J2 : le Centre a en effet réussi à clôner Jarod sous la forme d'un jeune adolescent. Il obtient aussitôt de M. Parker la permission de remplacer Raines à la tête du projet. Sa mission : comparer J2 à Jarod en lui faisant effectuer des simulations. J2 est né en 1985. Quand Sydney fait sa connaissance, il réalise très vite que Raines l'a "élevé" avec ses méthodes. Raines a fait croire à J2 que Jarod avait assassiné ses parents. Dès mai 1999, le Major Charles découvre le Projet Alpha. Aidé de Jarod, ils remontent la piste jusqu'à Donaterase. Loin d'imaginer le clônage, ils découvrent avec stupeur J2. Tous deux l'aident à s'échapper et lui dévoilent la vérité.