C'est à l'épisode "Cadeau surprise" que les ennuis commencent vraiment au Centre : quelqu'un veut la mort de M.Parker et ordonne à Brigitte de l'exécuter. Brigitte piège l'hélicoptère dans lequel Parker se trouve, en y plaçant une bombe commandée à distance. Mais Mlle Parker arrivera à temps et le sauvera. Elle apprendra de M.Raines que c'est le tueur de sa mère qui a tenté de tuer son père.
M. Lyle revient : il vole au Centre une micro plaquette contenant des codes génétiques. Ce sont sans doute ceux de Jarod. Parker donne l'ordre à sa fille de le tuer : elle se heurte à lui sur un port, il tente de l'abbatre mais elle tire la première. Lyle tombe dans l'eau. Plus tard, on découvre un corps à l'endroit où Lyle est tombé ; mais il manque la tête et les deux jambes. Il semble pourtant que c'est bien Lyle : le cadavre a un pouce sectionné.

Mlle Parker, Sydney et Broots sont arrêtés en pleine nuit pour paraître devant le tribunal du Centre : La commission T (Torture). Ils seront tous les trois interrogés par Brigitte et Raines, sous les yeux d'une personne cachée dans l'ombre, d'un chauve, d'un homme en chaise roulante et d'une autre personne cachée qui porte des chaussures noires et blanches.

Pendant ce temps, Jarod, devenu amnésique à la suite d'une dispute avec un meurtrier, se fait "kidnapper". Un homme l'attache sur un lit et téléphone au Centre en pensant pouvoir décrocher une récompense. Brigitte viendra pour capturer Jarod mais celui-ci réussira (comme toujours) à lui échapper.

M. Parker délivrera sa fille ainsi que Sydney et Broots de la commission T. Mais pendant qu'il semble se disputer avec Raines, Sydney remarque qu'il porte des chaussures noires et blanches. M. Parker expliquera à sa fille qu'il a fait ça pour éloigner Brigitte du Centre...

Sydney a un fils : il se nomme Nicolas. Sydney travaillait avant avec une certaine Michelle, au Centre. C'est avec lui qu'elle a eu Nicolas. A l'époque lorsqu'elle a su qu'elle était enceinte, le Centre lui a ordonné de disparaitre et de ne plus voir Sydney (pour ne pas nuire à son travail). Aujourd'hui elle s'est remariée, et elle ne veut pas que Sydney dise la vérité à leur fils.

Pendant que Jarod protège un enfant témoin d'un meurtre, Raines se fait agresser par un homme qui souffre de multiples personnalités. Dannie (ou Einad) grave le numéro "155" sur le bras de Raines. Il s'agit d'une pièce du niveau sous-terrain 27. Dannie était autrefois une des expériences de Raines.

Jarod rencontre un jeune homme à l'aéroport. Celui-ci ne trouve plus de place dans l'avion, et va rater son inscription à l'université de San Diego. Jarod lui laisse son billet. L'avion s'écrase. Pendant ce temps, au Centre, on apprends que M.Parker essai de prendre le poste qu'avait Lyle avant.

Sydney, Mlle Parker et Broots découvre que Lyle était en fait un enfant (Bobby Bowman) dont l'adoption avait été organisé par le Centre. Quand il avait 15 ans , Bobby a simulé sa mort pour faire condamner son père, qui le détestait. Lorsque Mlle Parker, Sydney et Broots rendent visite au père de Lyle en prison, celui-ci leur explique que chaque mois, il reçoit par la poste une photo de cadenas; mais ce mois ci, il n'a rien eu. Mlle Parker dit à Sydney : "c'est parce que Mr Lyle est mort". Mais après leur départ, la lettre arrive : Mr Lyle est toujours en vie.

De son côté, Jarod étudie la boite noire de l'avion et découvre le coupable du crash.

Jarod se fait passer pour le père d'un enfant kidnapper afin de délivrer celui-ci. Mais le Centre découvre ce qu'il fait et Mlle Parker arrive à coincer Jarod. Mais Willie, un des nettoyeurs de Raines, veut ramener Jarod lui-même. Mlle Parker refuse. Jarod profite de ce moment pour se libérer et s'enfuir.

Jarod recoit un message provenant apparement de Sydney et lui proposant de le rejoindre à Dry River, une petite ville d'Arizona. Mais losqu'il y arrive, il tombe sur Lyle. Celui-ci veut lui couper le pouce pour l'envoyer au Centre mais Jarod sera sauvé au dernier moment par... son petit frère, Kyle.

Alors que l'équipe du Centre se rend à Dry River, Jarod et Kyle sauvent une femme qui allait mourir. A la fin, Lyle prends Mlle Parker en otage; il est face à Jarod et Kyle, qui a une arme lui aussi. Alors qu'un jet du Centre se pose à quelques mètres, Mlle Parker frappe Lyle, qui la tenait. Kyle tire sur Lyle, qui tombe, se relève et abat Kyle à son tour. Sydney, Broots et l'équipe de nettoyage arrivent. Kyle meurt et Lyle disparait. Jarod pourra partir, aidé par le Shérif.

Jarod retrouve Fénigor, l'homme qui avait aidé Mme Parker à sauver les enfants du Centre. Il demande à Mlle Parker de le rejoindre dans une banque, ou Fénigor va tous les jours. Mais ce jour là, la banque se fait attaquer par 2 bandits. Jarod et Mlle Parker sont pris en otage; Fénigor se fait tirer dessus par un des bandits, Jarod essai de le soigner, enfermé dans la salle des coffres. L'équipe de nettoyage se trouve elle aussi , avec la police, devant la banque. Fénigor donne une enveloppe à Jarod. Il dit qu'elle contient les réponses à propos du dossier prodige, de sa famille, ses origines. Jarod parvient à enfermer les bandits dans la salle des coffres. Pendant que tous les otages sortent de la banques, un tueur du Centre est posté en haut de l'immeuble en face. Il vise la tête de Fénigor mais grâce à l'intervention (maladroite) de Broots, la balle le touchera au ventre. Il aura encore le temps de pronnoncer : "La réponse est dans les dossiers rouges".